Der "Schiffsbagger" oder auch „Schwimmbagger“ ist eine Erweiterung des MTS-Navi und wurde speziell für Baggerarbeiten im Wasserbau entwickelt. Der Baggerfahrer sieht am Computermodell, wie der Aushub unter Wasser voranschreitet, bis er die Sollhöhe, wie zum Beispiel die zukünftige Fahrrinne, erreicht hat. Die Baggerarbeiten unter Wasser sind im MTS-Navi permanent im Profil oder als flächenhafte Aufsicht nachvollziehbar. Die Funktionen des Schwimmbaggers stehen ab der MTS-Navi Version 1.4.x zur Verfügung
